鸡肠毒综合征是一种由多病因作用引起的以肠黏膜发炎、增厚、脱落、出血、坏死等为主要病症的综合性疾病。近些年来，本病发生比较普遍，特别是肉鸡的发病比较严重。本病使养殖成本增加、饲料报酬降低、养殖效益下降。
病因小肠球虫的感染小肠球虫的感染是本病的主要原因之一。小肠球虫主要寄生于肠黏膜上皮细胞中，当其大量生长繁殖时，必然导致肠黏膜增厚、水肿、严重脱落及出血等病变，则几乎使饲料不能被完全消化吸收，同时水分的吸收也明显减少。尽管鸡大量饮水，也会引起脱水现象，所以发病鸡群所排的粪便就很稀薄且不成形，内含有没有被消化的饲料。
肠道内环境的改变小肠球虫在肠黏膜上皮细胞内快速分裂生殖时，必然会消耗大量的氧气，导致肠黏膜组织分泌大量的乳酸，使肠道内pH值严重降低。肠道内环境发生改变，菌群平衡失调。有益菌减少，有害菌大量繁殖，又由于此时肠道处于厌氧环境，魏氏梭菌、肠梭菌等厌氧菌会大量繁殖，有害菌与球虫相互协调而加强了致病性。菌群所分泌的毒素增多，刺激肠道黏膜使肠蠕动加快，消化液排出增多，饲料通过肠道的时间缩短，消化不良，未消化的饲料随同脱落的黏膜一起排出体外，形成特征性的西红柿样或鱼肠样粪便。
饲料中维生素、能量和蛋白质的影响大量的能量、蛋白质和部分维生素能促进细菌与球虫的大量繁殖，加重症状。所以营养越丰富，发病率就越高，症状就越严重。
电解质的大量流失在该综合征发病的过程中，球虫和细菌大量快速生长繁殖，导致肠道消化不良，吸收障碍，则电解质的吸收减少；同时，由于大量的肠黏膜细胞迅速破裂崩解，使电解质大量流失，出现生理生化障碍，特别是钾离子的大量流失，会导致心脏的兴奋性过度增强，这也是肉鸡猝死症明显增多的主要原因之一。
自体中毒在发病的过程中，大量的肠道上皮细胞破裂，在细菌的作用下，发生腐败分解，以及脱落的肠黏膜、死亡的虫体等在体内发酵分解产生大量有毒物质；同时，肠道内异常菌群分泌的毒素均会被机体吸收后发生自体中毒，出现兴奋不安、尖叫、瘫痪而衰竭死亡等症。
防治措施预防加强管理，增加营养，使用无霉变、合格的营养平衡的饲料，减少应激。
防治球虫，发现球虫应及时治疗。
细心观察鸡群，发现粪便异样要及时确诊及时治疗。
在饲料中添加微生态制剂，防止肠道菌群失调。
治疗结合其多病因共同作用的结果，按照对症对因治疗的原则，进行综合治疗